2008-2009 Sezonu B Gençler Türkiye Şampiyonası finalinde Beşiktaş'ı 2-0 mağlup eden Altay şampiyon oldu.
Çeyrek finale kalan 8 takımın katılımıyla 25 Haziran'da, İstanbul'da başlayan müsabakalarda yarı finalde rakiplerini yenen, Beşiktaş ve Altay Bayrampaşa Çetin Emeç Stadı'nda karşı karşıya geldi. Karşılaşmayı 2-0 kazanan Altay, 2008-2009 Sezonu B Gençler Türkiye Şampiyonu oldu.
Aynı statta oynanan 3.'lük-4.'lük maçında ise rakibi Trabzonspor'u 5-0 mağlup eden Konya Şekerspor 3. oldu.
Şampiyon Altay'a ve 3. olan Konya Şekerspor'a kupalarını Türkiye Futbol Federasyonu Genel Sekreter Vekili Adnan Ersan verdi.