Son yıllarda Şampiyonlar Ligi'nin gölgesinde kalan UEFA Kupası'nda bu sezon büyük bir çekişme yaşanacağa benziyor. Son 32 takım arasında Avrupa'nın devleri göze çarpıyor. Aralık ayı içerisinde Son 32 ve Son 16 eşleşmeleri Nyon'da çekilen kura ile belirlenmişti.

Son 32 ve son 16 maçları oynandıktan sonra çeyrek ve yarı final eşleşmeleri ise 20 Mart'ta belli olacak.

Finale kalmaya hak kazanıp 20 Mayıs 2009 Çarşamba akşamı İstanbul Fenerbahçe Şükrü Saraçoğlu Stadı'nda sahaya çıkacak olan iki takım ise 7 Mayıs akşamı oynanacak yarı final maçları sonrasında belli olacak.

UEFA Kupası'nda yer alan takımların ülkelere göre dağılımı şöyle:

4 adet İtalya	AC Milan, Fiorentina, Sampdoria, Udinese
4 adet Almanya	Hamburg, Werder Bremen, Stuttgart, Wolfsburg
4 adet Fransa	Paris St Germain, Bordeaux, Marsilya, Saint Etienne
3 adet İngiltere	Aston Villa, Tottenham Hotspur, Manchester City
3 adet Ukrayna	Shaktar Donestk, Dinamo Kiev, Metalist Kharkiv
3 adet Hollanda	Ajax, FC Twente, NEC Nijmegen
2 adet Rusya	Zenith St. Petersburg, CSKA Moskova
2 adet İspanya	Valencia, Deportivo
2 adet Danimarka	FC Kopenhag, Aalborg BK
1 adet Portekiz	FC Braga
1 adet Yunanistan	Olympiakos
1 adet Belçika	Standart Liege
1 adet Polonya	Lech Poznan
1 adet Türkiye	Galatasaray