Spor Toto 3. Lig'de 2011-2012 sezonu, play-off maçlarının da tamamlanmasıyla sona erdi.

Gruplarını şampiyon olarak tamamlayan İnegölspor, Nazilli Belediyespor ve Hatayspor'un yanısıra play-off maçları sonucunda da Bayrampaşa, Kahramanmaraşspor ve Tarsus İdman Yurdu, Spor Toto 2. Lig'e yükseldi.

1. Grup'ta MKE Kırıkkalespor, Lüleburgazspor, Keçiören Sportif A.Ş. ve Akçaabat Sebatspor, 2. Grup'ta Karsspor, Küçükçekmecespor A.Ş., Kepez Belediyespor ve Erganispor, 3. Grup'ta ise Diyarbakır Kayapınar Belediyespor, Afyonkarahisarspor, Araklıspor ve Çarşambaspor, Bölgesel Amatör Lig'e düşen takımlar oldu.

Bölgesel Amatör Lig'de oynanan karşılaşmalar sonunda, Bergama Belediyespor, Silivrispor, Kahramanmaraş Belediyespor, Kayseri Şekerspor, Çorum Belediyespor, Emrespor, Fatih Karagümrükspor, Derince Belediyespor ve Refahiyespor, 2012-2013 sezonunda Spor Toto 3. Lig'de yer almaya hak kazandı.

19'ar takımdan oluşan 3 grubun bulunduğu Spor Toto 3.Lig'de 28 Ağustos 2011'de başlayan normal sezon 13 Mayıs 2012'de sona erdi. 36 haftalık lig grubunda Keçiörengücü attığı 71 golle en golcü takım olurken, Keçiörengüçlü Yıldıray Koçal da 22 golle normal sezonun gol kralı oldu. Sezonu 21 golle tamamlayan Hacettepe'den Artun Akçakın da play-off maçlarında attığı gollerle gol sayısını 24'e çıkardı.