Türkiye Futbol Federasyonu Yönetim Kurulu, 2008-2009 Sezonunda TFF 2. Lig Yükselme ile klasman gruplarının başlangıç tarihlerini değiştirdi. Daha önce 10-11 Ocak 2009 tarihinde başlayacağı duyurulan 10 Takımlı TFF 2.Lig Yükselme Grubu ve 9 Takımlı Klasman 1, 2, 3 ve 4. gruplarında müsabakalar bir hafta kaydırıldı. Bu müsabakalar 17-18 Ocak 2009 tarihinde başlayacak.

Yine daha önce 08 Şubat 2009 tarihinde başlayacağı bildirilen 8 takımlı TFF 2.Lig 5. Klasman Grubu müsabakalarının başlangıç tarihi de 14-15 Şubat 2009 tarihine kaydırıldı.

Bu değişikliklerin ardından TFF 2. Lig Yükselme ve tüm klasman gruplarında müsabakalar 17 Mayıs 2009 tarihinde tamamlanacak.

Yapılan değişiklikler sonucunda oluşan TFF 2. Lig sezon planlaması şöyle;