Ziraat Türkiye Kupası çeyrek ve yarı final kuraları İstanbul Maslak Sheraton Otel'de çekildi. Kura çekimi sonunda çeyrek ve yarı final eşleşmeleri şu şekilde oluştu:

Çeyrek final eşleşmeleri şöyle:

BÜYÜKŞEHİR BLD.SPOR	-	TRABZONSPOR
ANTALYASPOR	-	GALATASARAY
FENERBAHÇE	-	BURSASPOR
MANİSASPOR	-	DENİZLİSPOR

Yarı final eşleşmeleri şöyle:

BÜYÜKŞEHİR BLD.SPOR / TRABZONSPOR	-	ANTALYASPOR / GALATASARAY
FENERBAHÇE / BURSASPOR	-	MANİSASPOR / DENİZLİSPOR

Çeyrek final ilk maçları 3 Şubat 2010 Çarşamba, rövanşları ise 10 Şubat 2010 Çarşamba günü oynanacak. Yarı final ilk maçları 24 Mart 2010 Çarşamba, rövanş karşılaşmaları ise 14 Nisan 2010 Çarşamba tarihinde oynanacak. 2009-2010 sezonu Ziraat Türkiye Kupası Şampiyonu olacak takım ise 5 Mayıs 2010 tarihindeki final maçı ile belli olacak.