Makedonya futbolunun tarihi aslında 20. yüzyılın başlarına dayanıyor. Üsküp'te gerçek anlamda ilk futbol maçı 20 Nisan 1919'da oynanır; İngiliz ordusundaki askerler ile FC Napredak'ın mücadelesinde ev sahibi unvanıyla mücadele eden taraf 2-0 kazanır. Bu maçın oynandığı alana 1979 yılında, yani olayın 70. yıl dönümünde 250 kiloluk bir futbol topu anıt olarak dikilir. O günün, yani Makedonya'da oynanan ilk maçın anısına. 1909 ve 2002 yılları arasındaki süreçte Makedonya'da birçok kulüp kurulur. Bilinen ilk kulüp ise kuruluşu 1912 olarak görülen Üsküp kökenli SK Vardar'dır.

1945'te, İkinci Dünya Savaşı'ndan sonra, Gustav Vlahov Başkanlığı'nda All-Sports Community (Tüm Sporlar Topluluğu) adı altında kurulan organizasyonun içinde futbol da yerini alır. 16 Ağustos 1948'te organizasyondan ayrılan futbol 14 Ağustos 1949'da Makedonya Futbol Birliği hüviyetine bürünür. Tabiî ki; Yugoslavya Futbol Federasyonu'nun bir parçası olarak. 1991'de, yani Makedonya Cumhuriyeti'nin kuruluşuyla birlikte de özgürlüğüne kavuşur. İlk başkan Lubisav Ivanov-Dzingo'dur.

Yugoslavya Millî Takımı'nda boy gösteren en ünlü Makedonlar; Kiril Simonovski-Dzina, Blagoja Vidinic, Metodija Spasovski, Andon Doncevski, Darko Pancev ve Ilija Najdoski olarak hatırlanır.

1994'te Makedonya, FIFA, UEFA ve Balkan Futbol Federasyonlarına üye olarak dünya arenasında resmiyet kazanır. Millî Takım'ın uluslararası arenadaki ilk sınavı 1994'te gerçekleşir. İlk resmi maç 7 Eylül 1994'te Danimarka ile oynanır. Üsküp Şehir Stadı'ndaki karşılaşma 1-1 sona ererken Mitko Stojkovski Makedon Millî Takımı'nın ilk golünü atan isim olarak tarihe geçer. Bugüne kadar herhangi bir büyük turnuvanın finallerine katılmayı başaramayan Makedonya, FIFA'nın dünya sıralamasında 136'ncı basamakta yer almaktadır.

2018 Dünya Kupası elemelerinde G Grubu'nu İspanya, İtalya, İsrail, Arnavutluk ve Liechtenstein ile paylaşan Makedonya, oynadığı beş maçın dördünü kaybederken, tek galibiyetini Liechtenstein'ı deplasmanda 3-0 yenerek elde etmiştir. Ancak İtalya'ya 3-2, İsrail ve Arnavutluk'a da 2-1 kaybettikleri göz önünde tutulduğunda dirençli bir takım oldukları söylenebilir. Makedonya Millî Takımı'nın teknik direktörlüğünü Igor Angelovski yapmaktadır. Takımın en önemli iki oyuncusu İtalya'da top koşturan Palermolu Ilija Nestorovski ve bir dönem Galatasaray formasını da giyen Genoa'lı Goran Pandev'dir. Ülkemizde Göztepe'de oynayan Adis Jahovic de Makedonya Millî Takımı'nda yer almaktadır.

Millî Takımımız, Makedonya ile bugüne kadar dördü özel, üçü resmi olmak üzere yedi kez karşı karşıya gelmiş, bu maçların beşini kazanırken, birini kaybetmiş, birinden de beraberlikle ayrılmıştır. Millî Takımımız bu maçlarda 14 gol atarken, Makedonya da 9 golle karşılık vermiştir.

İki takım arasında 1994 yılında oynanan ilk maçı Millî Takımımız deplasmanda 2-0 kazanmış, 4 Haziran 2006 tarihinde Almanya'nın Krefeld şehrindeki Grotenburg Stadı'nda oynanan son maçtan ise Makedonya 1-0 galip ayrılmıştır.

Türkiye-Makedonya Maçları:

Tarih	Ev Sahibi	Skor	Misafir	Organizasyon
04.06.2006	TÜRKİYE	0-1	MAKEDONYA	ÖZEL MAÇ
11.06.2003	TÜRKİYE	3-2	MAKEDONYA	AVRUPA ŞAMPİYONASI 2004 GRUP ELEME
12.10.2002	MAKEDONYA	1-2	TÜRKİYE	AVRUPA ŞAMPİYONASI 2004 GRUP ELEME
06.06.2001	TÜRKİYE	3-3	MAKEDONYA	DÜNYA ŞAMPİYONASI 2002 GRUP ELEME
28.03.2001	MAKEDONYA	1-2	TÜRKİYE	DÜNYA ŞAMPİYONASI 2002 GRUP ELEME
30.08.1995	TÜRKİYE	2-1	MAKEDONYA	ÖZEL MAÇ
31.08.1994	MAKEDONYA	0-2	TÜRKİYE	ÖZEL MAÇ